Σαν σήμερα στις 29 Νοεμβρίου 1908 ιδρύθηκε στη Θεσσαλονίκη ο Ηρακλής, ο οποίος προέκυψε από τον «Όμιλο Φιλόμουσων» που είχε δημιουργηθεί στην πόλη το 1889.
Κατά την γενική συνέλευση των μελών που έγινε τότε καταρίστηκε το πρώτο καταστατικό του Ηρακλή Θεσσαλονίκης, ο οποίος και αποτελεί ένα από τα πρώτα ελληνικά σωματεία.
Ένα σύλλογος που στηρίχθηκε στην κοινωνική, οικονομική και μορφωτική ελίτ της τότε Θεσσαλονίκης. Ένας σύλλογος που εμπνεύστηκε από τον λεγόμενο ευγενή αθλητισμό κι έδωσε βάρος στον στίβο, την κολύμβηση, την ποδηλασία.
Ένας σύλλογος όμως και με όραμα αφού ασχολήθηκε από την αρχή και με ένα νέο άθλημα, το ποδόσφαιρο. Και πρωτοποριακά για την εποχή απέκτησε και δικό του γήπεδο το 1915.
Βεβαίως ο σύλλογος χρονολογείται από το 1899 όταν ιδρύθηκε ο «Όμιλος Φιλομουσών», ως σωματείο γραμμάτων και μουσικής και το 1903 ενέταξε στις δραστηριότητές του τον αθλητισμό, ενώ καταγράφεται και επίσημος αγώνας στις 23/4/1905.
Τρία χρόνια μετά τον αγώνα αυτό, τα μέλη του ομίλου θα ιδρύσουν τον σημερινό Ηρακλή, ο οποίος όμως, λόγω της τουρκικής κατοχής, έφερε τον υποχρεωτικό τίτλο «Οθωμανικός Ελληνικός Σύλλογος Θεσσαλονίκης Ο Ηρακλής», που θα τροποποιηθεί μετά την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης το 1912.
Ο «Γηραιός», που όπως είπαμε αρχικά δεν ήταν αθλητικό σωματείο αλλά μουσικό και φιλολογικό είχε ως σκοπό την εθνική διαμόρφωση και διάπλαση των νέων της εποχής εκείνης.
Το 1902 μέλη του ομίλου αποφάσισαν να εντάξουν αθλητικά τμήματα στον όμιλό τους και σε συνεννόηση με την ελληνική κοινότητα της πόλης που βρισκόταν υπό οθωμανικό ζυγό, τους παραχωρήθηκε το δικό της γυμναστήριο. Ανάμεσα στα άλλα αθλητικά τμήματα που δημιούργησε ο όμιλος, το τμήμα ποδοσφαίρου ήταν το πρώτο που δημιουργήθηκε και συνάρπασε πολλούς αθλητές και θεατές. Το νέο αυτό άθλημα εισήγαγαν στη Θεσσαλονίκη οι αλλοδαποί κάτοικοι, που είχαν ήδη ιδρύσει τη δική τους ομάδα, την Ουνιόν Σπορτίφ.
Ο Όμιλος Φιλομούσων προσπάθησε να συγκροτήσει μια αμιγώς ελληνική ποδοσφαιρική ομάδα, με στόχο περιβλημένο από εθνικό γόητρο, να αντιμετωπίσει την αντίστοιχη των ξένων. Ο πρώτος επίσημος ποδοσφαιρικός αγώνας ποδοσφαίρου στη Θεσσαλονίκη έλαβε χώρα στις 23 Απριλίου 1905, μεταξύ του Ομίλου Φιλομούσων και της Ουνιόν Σπορτίφ. Οι Έλληνες της Θεσσαλονίκης αναρρίγησαν όταν η ελληνική ομάδα κέρδισε με σκορ 3-0.
Από την αρχή όμως ο σύλλογος άρχισε να αντιμετωπίζει οικονομικά προβλήματα. Τα προβλήματα αυτά λύθηκαν με την συνένωση του ομίλου με την ομάδα Ολυμπία και σχημάτισαν το 1908 έναν νέο σύλλογο.
Τυπικά βεβαίως ο Ηρακλής καταχωρήθηκε στο βιβλίο αναγνωρισμένων σωματείων στις 11 Ιανουαρίου 1915 (με αριθμό 1720, παλαιός αριθμός 18) , δηλαδή σχεδόν δυόμιση χρόνια μετά την απελευθέρωση της πόλης.
Σημαντικότερη αγωνιστική επιτυχία του Ηρακλή είναι η κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδος τη σεζόν 1975-76 (επί του Ολυμπιακού με 6-5 στα πέναλτι), ενώ κορυφαίος ποδοσφαιριστής που φόρεσε ποτέ την κυανόλευκη φανέλα του ο Βασίλης Χατζηπαναγής.
Ηρακλής: Σημαντικές ημερομηνίες
1927: Πρωταθλητής Θεσσαλονίκης 1926–27
1934: 2η θέση στο πανελλήνιο πρωτάθλημα 1933–34 (ηττήθηκε στον διπλό τελικό από τον πρωταθλητή Νότου Ολυμπιακό)
1939: Πρωταθλητής Θεσσαλονίκης 1938–39, 2η θέση στο πανελλήνιο πρωτάθλημα 1938–39 (ηττήθηκε στον διπλό τελικό από την πρωταθλήτρια Νότου ΑΕΚ)
1940: Πρωταθλητής Θεσσαλονίκης 1939–40
1947: 2η θέση στο πανελλήνιο πρωτάθλημα 1946–47 (με ένα βαθμό διαφορά από τον Ολυμπιακό λόγω μηδενισμού) και φιναλίστ στο κύπελλο Ελλάδας 1946–47 (ήττα στον τελικό από τον Ολυμπιακό)
1951: Πρωταθλητής Θεσσαλονίκης 1950–51
1952: Πρωταθλητής Θεσσαλονίκης 1951–52
1957: Φιναλίστ στο κύπελλο Ελλάδας 1956–57 (ήττα στον τελικό από τον Ολυμπιακό)
1961: Η πρώτη ελληνική ομάδα που συμμετείχε στο κύπελλο Εκθέσεων (μετέπειτα κύπελλο ΟΥΕΦΑ, σημερινό Europa League), με αντίπαλο τη γιουγκοσλαβική Νόβι Σαντ.
1976: Κυπελλούχος Ελλάδας 1975–76 (νίκη στον τελικό επί του Ολυμπιακού με σκορ 4–4 και 6–5 στα πέναλτι)
1980: Υποβιβασμός στη Β’ Εθνική για την υπόθεση του Φιλώτα Πέλλιου παίκτη του ΠΑΟΚ. Αργότερα ο Ηρακλής δικαιώθηκε στα πολιτικά δικαστήρια
1980: Φιναλίστ στο κύπελλο Ελλάδας 1979–80 (ήττα στον τελικό από την Καστοριά)
1984: 3η θέση στο πρωτάθλημα Α’ εθνικής 1983–84
1985: Κυπελλούχος Βαλκανίων 1984–85 (επικράτηση στον διπλό τελικό επί της ρουμανικής Άρτζες Πιτέστι, 1–3 εκτός έδρας και 4–1 εντός έδρας)
1987: Φιναλίστ στο κύπελλο Ελλάδας 1986–87 (ήττα στον τελικό από τον ΟΦΗ).
2011: Υποβιβασμός στη Β’ Εθνική λόγω πλαστής ενημερότητας και έπειτα λόγω προσφυγής στο CAS υποβιβασμός στη Δ’
Υπόθεση υποβιβασμού του Ηρακλή το 2011.
2012: Αποχωρεί από τη Δ’ Εθνικη (σεζόν 2011-12) και από τον Ιανουάριο του 2012 αγωνίστηκε ως ΑΕΠ Ηρακλής 1908 στην Γ’ κατηγορία μετά τη συγχώνευση με την Α.Ε. Ποντίων Κατερίνης.
2020: Απόκτηση του ΑΦΜ του Ηρακλή Αμπελοκήπων και δήλωση συμμετοχής στην Γ’ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία, ως Ηρακλής Αμπελοκήπων Θεσσαλονίκης, εν συντομία Ηρακλής.
Ηρακλής: Τίτλοι-διακρίσεις
Τίτλοι
Κύπελλο Ελλάδας (1): 1975–76
Βαλκανικό Κύπελλο (1): 1984–85
• Πρωτάθλημα Β’ Εθνικής (1): 1980–81
• Πρωτάθλημα Γ’ Εθνικής (1): 2017–18
• Πρωτάθλημα Α’ ΕΠΣΜ (1η Κατηγορία ΕΠΣΜ) (5): 1926–27,1938–39,1939–40,1950–51,1951–52
• Πρωτάθλημα Μακεδονίας (1): 1934
• Πρωτάθλημα Θεσσαλονίκης (3): 1914,1915, 1940
Θερινό πρωτάθλημα Ο.Π.Α.Π. (1): 1970
• Πρωτάθλημα Γ’ ΕΠΣΜ (4η Κατηγορία ΕΠΣΜ) (1): 2019–20
• Κύπελλο Εκθέσεως (1): 1934
• Κύπελλο Κωστάκη (1): 1926
• Πρωτάθλημα Βορείου Ελλάδας (1): 1934
Ηρακλής: Διακρίσεις
Πρωτάθλημα Ελλάδας: 2η θέση (3): 1933–34, 1938–39, 1946–47
3η θέση (1): 1950–51, 1983–84
Κύπελλο Ελλάδας: Φιναλίστ (4): 1946–47, 1956–57, 1979–80, 1986–87.