Ο Αλέξης Κούγιας είναι ένας από τους ανθρώπους που ασχολούνται ενδελεχώς με την καταγγελία του Ολυμπιακού στην ΕΕΑ για την υπόθεση πολυιδιοκτησίας των ΠΑΕ ΠΑΟΚ και Ξάνθη.
Η οποία αυτή την στιγμή βρίσκεται στο δευτεροβάθμιο πειθαρχικό όργανο της ΕΠΟ, αλλά η εκδίκασή της έχει «παγώσει» λόγω του κορονοϊού.
Ωστόσο αν ανατρέξει κανείς στο παρελθόν, όχι πολύ μακριά, θα διαπιστώσει πως ο Κούγιας δεν θεωρεί πως η πολυιδιοκτησία είναι αδίκημα και μάλιστα το χαρακτηρίζει «κλασικό».
Στις 21 Ιουλίου του 2018 και με αφορμή την τότε είσοδο του υιού του, Χρήστου, στον Ιωνικό, ο ιδιοκτήτης της ΑΕΛ είχε δώσει συνέντευξη στον Sport24 Radio (ο οποίος έκλεισε πριν από μερικές μέρες).
Λέγοντας ότι πολλές ομάδες έχουν πολυιδιοκτησία, κάνοντας αναφορά στην οικογένεια Ανιέλι και τη Ρεάλ Μαδρίτης.
Για το αν κατηγορηθεί ότι ο Ιωνικός θα είναι δορυφόρος της ΑΕΛ:
«Ο καθένας μπορεί να λέει ό,τι θέλει. Η ζωή εξελίσσεται. Μην ξεχνάτε πόσες ομάδες έχουν πολυιδιοκτησία. Αυτό είναι κλασικό στο εξωτερικό. Η οικογένεια Ανιέλι πόσες ομάδες έχει; Η Ρεάλ Μαδρίτης πόσες ομάδες έχει στην Ισπανία; Δηλαδή η Ράγιο Βαγιεκάνο τι είναι; Επειδή δεν το λένε;».
Για τον γιο του που θα αναλάβει την προεδρία του Ιωνικού:
«Έχω ένα γιο που εξελίσσεται. Θέλω να μην είναι μόνο καλός γιος, θέλω να είναι και μάγκας. Μάγκας γίνεσαι μόνο μέσα από την επαφή με την κοινωνία. Είναι πρόεδρος στο Κολλέγιο, στην τάξη του, έχει επαφή με τον αθλητισμό, παίζει μπάσκετ. Είναι βάζελος βέβαια. Δεν είπαμε ότι θα κάνει το κουμάντο στον Ιωνικό. Υπάρχουν άνθρωποι εκεί που μπορούν να σου λύσουν τα χέρια. Ο νυν πρόεδρος είναι φανταστικό παιδί. Θα είμαι εγγυητής αυτής της προσπάθειας και θα βγει κάτι όμορφο».
