Σαν σήμερα ο ΠΑΟΚ προχώρησε σε μία ιστορική συγχώνευση που του έδωσε την σημερινή του μορφή. Η ομάδα της Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε το 1926 στη Θεσσαλονίκη από Κωνσταντινουπολίτες πρόσφυγες που ακολούθησαν την ανταλλαγή των πληθυσμών μετά τη Μικρασιατική καταστροφή και τη Συνθήκη της Λωζάνης που ακολούθησε.
Νωρίτερα είχε ιδρυθεί στην πόλη η Ένωση Κωνσταντινουπολιτών, κυρίως από μέλη των ελληνικών συλλόγων της Πόλης: Ερμής και Πέρα Κλουμπ. Από την Ένωση αυτή προέκυψε αρχικά η ΑΕΚ Θεσσαλονίκης (1925) και ένα χρόνο αργότερα ο ΠΑΟΚ. Να σημειωθεί ότι ο Αθλητικός και Πολιτιστικός Σύλλογος Ερμής ιδρύθηκε στην Κωνσταντινούπολη το 1875 και αποτέλεσε τον αρχαιότερο ποδοσφαιρικό σύλλογο που ιδρύθηκε στην τουρκική επικράτεια.
ΔΙΑΒΑΣΤΕ ΕΠΙΣΗΣ: Νίκος Τοσκίτσης: ΠΑΟΚ: Ψάχνει έναν νέο Άρνεσεν!
Αν και η ΑΕΚ Θεσσαλονίκης κατάφερε να εντάξει στο δυναμικό της ποδοσφαιριστές προερχόμενους από τον Άρη (Βεντουρέλης, Μαλτέζος κλπ.) και από τον Ηρακλή (Γεωργιάδης κ.α.), συνέχιζε να έχει σαν βασικό κανόνα την ένταξη σ’ αυτήν μόνο Κωνσταντινουπολιτών και γενικά προσφύγων αθλητών. Αυτό προκάλεσε την αντίδραση αρκετών στελεχών της κι έτσι το 1926, μέσα από τις τάξεις της ΑΕΚ προέρχεται ο ΠΑΟΚ, ο οποίος ακολουθώντας τον προσδιορισμό Πανθεσσαλονίκειος στην ονομασία του, ανοίγει τις πόρτες του σε όλους τους Θεσσαλονικείς.
Ο ανταγωνισμός και η αντιπαλότητα των δύο αδερφών σωματείων ΑΕΚ και ΠΑΟΚ κράτησε μέχρι τις 20 Μαρτίου 1929. Τότε ελήφθη η ιστορική απόφαση της συγχώνευσης των δύο προσφυγικών ομάδων, του ΠΑΟΚ με την ΑΕΚ Θεσσαλονίκης. Ουσιαστικά τότε με πρωτοβουλία του πρόεδρου του πολιτικού σωματείου της Ενώσεως Κωνσταντινουπολιτών, γιατρού Καραμαούνα, ο ΠΑΟΚ απορρόφησε τα αθλητικά τμήματα της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης, της οποίας αξίζει να σημειωθεί ότι το ποδοσφαιρικό τμήμα ήταν ανενεργό από το 1927!
ΔΙΑΒΑΣΤΕ ΕΠΙΣΗΣ: Μ.Καλτσίδη: Μπάλα μετά από έναν μήνα; Απίθανο!
Πρωτεργάτες όμως της ιδέας και της υλοποίησής της ήταν ο Φανούριος Βυζάντιος και ο Παντελής Καλπακτσόγλου, που αποσκίρτησαν από την Αθλητική Ένωση Κωνσταντινουπολιτών της Θεσσαλονίκης.
Μετά τη συγχώνευση με την ΑΕΚ Θεσσαλονίκης, το 1929, ο ΠΑΟΚ άλλαξε και έμβλημα. Αντικαταστάθηκε το πέταλο με το τετράφυλλο τριφύλλι και νέο έμβλημα έγινε ο δικέφαλος αετός. Το έμβλημα του ΠΑΟΚ είναι παρόμοιο με αυτό της ΑΕΚ αλλά με διαφορετικό συμβολισμό. Ο δικέφαλος αετός με τα κλειστά φτερά που συμβολίζει το πένθος και την προέλευση του συλλόγου και την επάνοδο της μνήμης στις ρίζες και την κληρονομιά των προσφύγων (Βυζάντιο και Κωνσταντινούπολη).